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          科研小技巧:DNA如此干凈,令人難以置信

          作者:Michelle Tetreault Carlson 來源:美國MoBio實驗室【字號:



          借新PowerClean Pro試劑盒發布之機,我們來討論一下Clean-Up試劑盒的工作原理,方便大家選擇使用。

          Clean-Up試劑盒處理帶雜質核酸,移除影響下游實驗的污染物。所有酶促反應如限制酶切、連接、PCR擴增、測序等都需要純凈的DNA和RNA,以獲得最好的結果。

          根據你需要去除的物質來選擇合適的Clean-Up試劑盒。還不能確定?就是根據雜質的來源,這些干擾物質通常來自上一次的酶促反應或者提取DNA/RNA的原有機體/環境。我們的Clean-Up試劑盒根據污染物來源可以分成兩大類。

          我們最快速簡便的試劑盒是設計用于去除PCR擴增或酶切等酶促反應產生的蛋白、引物、dNTPs和鹽的試劑盒。我們有三款Clean-Up試劑盒可去除這類蛋白、鹽類:UltraClean PCR、UltraClean GelSpinUltraClean 15。若手上的是DNA溶液,可選擇上述任何一款試劑盒。不過,它們之間也有少許區別。UltraClean PCRUltraClean GelSpin是基于硅膠離心柱的試劑盒。因此它們的有20μg的DNA吸附上限,最大DNA吸附片段是50kb。主要區別在于吸附的DNA片段大小下限。UltraClean PCR可回收大于60bp的小分子DNA,而UltraClean GelSpin回收下限是100bp。

          UltraClean 15試劑盒使用了硅膠懸浮液替代離心柱來吸附DNA。與UltraClean PCR試劑盒一樣擁有更廣的DNA片段大小吸附限度(60bp-50kb)。因為硅膠懸浮液可以根據需要增減,可隨DNA量來任意調整。UltraClean 15的另一個好處是可對DNA小體積洗脫。非常適合既要回收又要濃縮DNA的場合;诠枘z離心柱的試劑盒至少需要用50μl洗脫液洗脫。

          除了回收溶液中的DNA外,UltraClean GelSpinUltraClean 15試劑盒還提供了回收瓊脂糖凝膠DNA的操作說明。因為UltraClean 15用的是硅膠懸浮液,所以它能根據瓊脂糖凝膠塊大小作出調整。(只要你有足夠大的收集管。UltraClean GelSpin Kit一次只能放入0.2g瓊脂糖塊,否則容易堵塞離心柱。

          但,如果骯臟的DNA/RNA樣品不止被蛋白、引物和鹽污染呢?那你就需要使出絕招了!我們兩款最新的試劑盒,PowerClean Pro DNAPowerClean Pro RNA,以及原有的PowerClean DNA Clean-Up Kit。新的PowerClean Pro 試劑盒擁有流水線式的操作步驟,比原來的PowerClean DNA Clean-Up Kit需需要更少的操作步驟,更少機會在純化過程中丟失樣品。只有這三款針對粗提DNA/RNA的試劑盒含有我們的專利抑制因子去除技術(Inhibitor Removal Technology),完全去除來自植物、土壤、糞便或血液的復雜PCR抑制因子。常見的雜質有:

          • 腐植酸(來自土壤、堆肥)
          • 多糖(植物、瘤胃未消化內容物、盲腸內容物、糞便、藥物)
          • 多酚(植物)
          • 黑色素(頭發、皮膚、眼睛組織
          • 膽鹽(糞便
          • 亞鐵血紅素、EDTA、活性炭(血液)

          若你去除的雜質并未列在上面,不確定PowerClean試劑盒是否合用,請聯系技術部。我們也許知道答案。

          已經開始亂了?結論是,我們所有的Clean-Up試劑盒都能去除蛋白、引物和鹽類。而只有使用了專利IRT技術的試劑盒能去除環境來源雜質。下面繪制了一個表格,方便查找合適的試劑盒。

          Clean-up Kit 綁定吸附介質 片段范圍 瓊脂糖凝膠 溶液 吸附上限 抑制因子
          PowerClean Pro DNA 硅膠離心柱 100 bp – 50 kb

          20 ug 環境來源的
          UltraClean PCR DNA 硅膠離心柱 60 bp – 50 kb

          20 ug 鹽類、蛋白
          UltraClean GelSpin DNA 硅膠離心柱 100 bp – 50 kb

          20 ug 鹽類、蛋白
          UltraClean 15 DNA 硅膠懸浮液 60 bp – 50 kb

          scalable 鹽類、蛋白
          PowerClean Pro RNA 硅膠離心柱 100 bp – 50 kb

          40 ug 環境來源的
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